Legado cultural por Don Pedro del Río Zañartu a la ciudad de Concepción en el año 1917, se abrió al público como institución en 1938 administrada por Carlos O. Schneider. Quien realizó la obra de primer administrador y aportó con el primer inventario del Museo. A causa del terremoto de 1939 la edificación quedó con ciertos daños realizándose las primeras intervenciones sobre el edificio. Ya en los años ´50 otro administrador, Hernán San Martín se hace cargo del museo, sufre bajo su administración el terremoto de 1960, quedando nuevamente con serios daños, reabrió sus puertas al año siguiente, agregándose además otras salas, como "sala arte popular, culturas americanas" esto ayudado por la incorporación de objetos adquiridos por él o donados. El museo fue declarado Monumento Nacional el año 1976. El año 2007 se realizaron las últimas intervenciones sobre el edificio, en especial sobre la techumbre, recuperando la técnica constructiva de la época original.