El museo recibe el nombre de Museo de la Catedral, no sólo por su temática sino también por su emplazamiento. Se encuentra ubicado en el subsuelo de la Catedral de Valdivia, en el sitio original donde, desde 1552, se levantaron las 15 iglesias que le precedieron y que fueron destruidas por incendios, terremotos, trombas. Su creación fue posible gracias a un convenio firmado entre el Obispado de Valdivia y la Dirección Museológica de la Universidad Austral de Chile y la asesoría del Padre Gabriel Guarda, el aporte de la Fundación Andes para el montaje de las colecciones. Se inauguró el año 1998 y en la actualidad administrado por el Obispado de Valdivia. El museo muestra los fundamentos materiales y espirituales de la Iglesia en Valdivia: materiales por que esta instalado en los cimientos de la catedral, junto a su primera piedra; espirituales, porque expone una síntesis de la evangelización de estas tierras, desde el siglo XVI al XIX, con referencia a la fundación de la Iglesia, las familias religiosas comprometidas en la misión, manifestaciones artísticas y culturales, la celebración litúrgica y la propuesta de santidad de vida según el evangelio. La colección es muy variada y en su recorrido se destacan piezas como por ejemplo un tabernáculo de madera dorada con espejos, c.1750; cuadros como La Sagrada Familia, óleo sobre tela de la escuela italiana, c.1650; y telares como un Pluvial bordado con rocalla, pájaros y flores, S.XVIII.