El Museo del Hongo nace a fines del 2016 con su primera exposición en el Barrio Matta, Santiago, donde se reunieron más de 15 proyectos de artistas y científicos nacionales. El 2018, se presentaron: una exposición en MAC Valdivia con la participación del artista Iván Navarro y actores locales; exposiciones en el Castillo Hidalgo, en el contexto del 4to Encuentro de Arte y Ciencia organizado por la Corporación Chilena de Vídeo en Galería Réplica de Valdivia, para la Semana de la Biofabricación de BioFabLab FADEU-UC; en Casa O de Lastarria para Museos de Medianoche.
El 2019 las exposiciones y obras en iF Blanco Recoleta, Santiago; Festival de Hongos de Telluride, Colorado, EE. UU.; Museo Benjamín Vicuña Mackenna en la Bienal de Artes Mediales de Santiago; en el zócalo del MAC Parque Forestal para la Semana de la Ciencia del Ministerio de Ciencia, Tecnología e Innovación.
El año 2020 se presentó la primera exposición virtual del Museo en el marco del Festival Ars Electrónica; el Museo participó también de forma virtual en la Semana de la Ciencia de Berlín.
En 2021, el Museo hizo su primera exposición presencial en el extranjero en el Centro de Cultura Contemporánea de Barcelona y lanzó su exposición virtual GIRA, accesible para la comunidad sorda, financiada por Explora del MINCIENCIA. Se presentó en MAC Parque Forestal en la exposición Futuro Concreto; la segunda participación en la Semana de la Ciencia de Berlín; también en el encuentro de prácticas artísticas Indisciplinas, de Universidad Austral de Chile.
En 2022 se inicia el programa de aprendizaje Planeta Fungi con el objetivo explorar las principales características del Reino Fungi. Exposiciones en colaboración con artistas y científicos, entre ellas se destacan Pudryendo, en Sobremesa del CCE; Mutualistas, de la Universidad de Talca; Ciencia Fricción 2: Les Micobiontes en Azkuna Zentroa, Bilbao; Holy Children en espacios culturales de Berlín, Kastanien Institut für Alles Mögliche - Rhizome Lab.