La temprana estabilidad alcanzada por Chile lo distinguió de otras naciones en el continente porque desde un comienzo el Estado se abocó a la “construcción de la nación”, para lo cual debió definir una identidad que convirtiera a todos los habitantes del territorio en ciudadanos de la misma República; identificándolos con una historia, una geografía, un medio natural singular y expresiones culturales específicas.
El primer paso de esta misión fue la fundación de la Biblioteca Nacional (BN), en 1813, que reunió las colecciones de las principales bibliotecas coloniales, como eran las que habían pertenecido a la Compañía de Jesús y a la Real Universidad de San Felipe. Este acervo se incrementó con aportes de intelectuales de la época, como Manuel de Salas y Camilo Henríquez. El propósito de la BN era poner la cultura al alcance de los chilenos, entendiendo que personas más ilustradas serían ciudadanos más virtuosos y en condiciones de contribuir a la prosperidad y al bienestar de la nación.
El Estado estaba convencido de la importancia de impulsar el cultivo de las ciencias modernas, como de la necesidad de mejorar la educación de los chilenos, para tener un completo conocimiento del territorio y sus recursos y ponerlos al servicio del desarrollo del país.
Bajo este principio, el Gobierno contrató a algunos extranjeros, como el naturalista francés Claudio Gay, el científico polaco nacionalizado chileno, Ignacio Domeyko y el naturalista alemán radicado en Chile, Rodulfo Philippi. Ellos, además de explorar el país, e inventariar, describir y clasificar sus recursos naturales, transmitieron sus conocimientos a una generación de profesionales educados en las ciencias.
Una forma de albergar y conservar el aporte de estos intelectuales fue la creación, en 1830, del Museo Nacional. Este museo se convirtió en el actual Museo Nacional de Historia Natural (MNHN), que impulsó nuevas investigaciones y el cultivo de las ciencias naturales en el país.
Con el correr del siglo XIX, surgieron diversas instituciones dedicadas a conservar colecciones de valor científico, artístico e histórico. En Valparaíso, se formó una valiosa biblioteca de obras científicas, complementada con muestras botánicas, zoológicas, fósiles y arqueológicas que sirvieron de base para que en 1878 se formara el Museo de Valparaíso.
El caso más representativo de conformación de colecciones patrimoniales como resultado de iniciativas particulares, es el Museo Histórico Nacional (MHN). La idea estuvo presente desde el nacimiento de la República y las piezas coloniales que fueron reuniéndose se trasladaron a diferentes dependencias fiscales hasta encontrar un lugar permanente en el Museo Nacional. En 1873, la exposición “El coloniaje”, organizada por el intendente de Santiago, Benjamín Vicuña Mackenna, en el Teatro Municipal, incentivó el interés por las piezas de valor simbólico para la historia nacional y generó un ambiente propicio para que se dispusiera la fundación del primer museo histórico en el cerro Santa Lucía. Poco tiempo después, la Guerra del Pacífico impuso la necesidad de incorporar nuevas colecciones que dieran cuenta de ella y el espacio disponible en el cerro se hizo insuficiente. Con la celebración del Centenario de la Independencia se decidió formar un solo museo con las colecciones del museo del cerro Santa Lucía y de la galería histórica del Museo Nacional. Para cumplir con su misión de custodiar, conservar y exhibir todo su material en un solo lugar en 1982 el MHN se trasladó al edificio de la antigua Real Audiencia, en la Plaza de Armas de la capital.
El surgimiento espontáneo de algunos museos estuvo complementado con el de otras iniciativas de fomento a actividades y disciplinas específicas. Un caso de este tipo aconteció con la Academia Nacional de Pintura, creada en 1849 con el propósito de ofrecer una formación sistemática a los alumnos de los liceos interesados por las artes plásticas. Para 1880, la colección que había reunido se convirtió en el Museo y Escuela de Bellas Artes, que se transformó posteriormente en el actual Museo Nacional de Bellas Artes (MNBA), cuando en 1910 se trasladó al edificio que actualmente ocupa en el Parque Forestal (construido como parte de las obras para la celebración del centenario de la Independencia).
Otra necesidad de resguardo del patrimonio nacional que surgió durante el siglo XIX fue la de conservar su documentación histórica y sistematizarla. De esta forma, en 1847 se creó la Oficina Central de Estadística. Además, aún quedaban los registros provenientes del período colonial que estaban dispuestos, en las bodegas del Ministerio del Interior. Esta carencia fue abordada, en 1887, con la creación del Archivo General de Gobierno, que reunió el archivo republicano y el colonial en una sola colección. En 1927, y con la incorporación de los expedientes judiciales y notariales de todo el país, fue creado el Archivo Nacional Histórico (ANH).