El museo posee una colección que supera las 3.500 piezas, organizadas en dos temáticas: historia y bellas artes.

Historia
Esta sección está compuesta de dos secciones:

Vida y obra del Presidente
Expone mobiliario, objetos diversos, documentos y fotografías personales y de la familia González-Marckmann que ilustran su época.

Historia Regional
En una secuencia cronológica y con una escogida colección de objetos testimoniales importantes de la vida cotidiana de la Región de Coquimbo.

Bellas Artes
La colección está formada por:

Pinacoteca "Oscar Prager"
Estas salas, junto con recordar la memoria de un generoso mecenas, exhiben una colección estable de arte chileno contemporáneo.

Sala de Exposiciones Temporales
Destinada a exhibir exposiciones de arte y cultura.

Sala de Usos Múltiples
En ella se desarrollan actividades de extensión y fomento cultural como conferencias, recitales poéticos, conciertos de cámara, actividades de protocolo y también exposiciones.

El Museo cuenta, además, con las siguientes colecciones:

Colección de Historia Regional
Está formada por los más variados objetos de naturaleza histórica, documentos escriturales, imágenes fotográficas, retratos, dibujos, planos, etc.

Colección de pintura chilena contemporánea
De propiedad del Banco Central de Chile y recibida en comodato para su exhibición.

-Pintura Chilena Contemporánea. Propiedad del Museo.

-Acuarelas sobre temas regionales, pertenecientes al Fondo Documental “Osvaldo Ramírez Ossandón (MR. ROU)”.

-Colección de grabados chilenos y soviéticos.

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